Національний еколого-натуралістичний центр учнівської молоді Міністерства освіти і науки України приділяє значну увагу інтеграції національної освіти у міжнародний освітній простір, що виражається не лише у застосуванні новітніх підходів, але й в проведенні і координації ряду конкурсів та програм в рамках міжнародної співпраці. Так, НЕНЦ щорічно проводить українські етапи міжнародних конкурсів: INFOMATRIX, REGENERON ISEF та інші. Переможці їдуть за кордон здобувати традиційні призові місця на міжнародних етапах. НЕНЦ є координатором міжнародної програми GLOBE в Україні. Міжнародне співробітництво цим не обмежується, Центр має розгалужену систему різноспрямованих взаємодій з освітніми установами інших країн, особливо Румунії, Польщі.

Regeneron International Science and Engineering Fair (ISEF). Міжнародна виставка науки та інженерії (ISEF) була створена у 1950 для представлення учнівських робіт. Цей захід здобував з роками все більшої і більшої популярності і виходів на нові рівні. Сьогодні він має величезний авторитет у наукових колах всього світу. Україна є повноправною країною-учасницею ISEF з 2004 р., після афіліації національного конкурсу під назвою Intel Еко-Україна, а у 2005 році перші двоє фіналістів національного відбору змагалися на міжнародному рівні. Установа-організатор — Національний еколого-натуралістичний центр учнівської молоді Міністерства освіти і науки України.

Міжнародний конкурс комп’ютерних проєктів «Infomatrix» — це глобальна ініціатива, яка об’єднує комп’ютерні проєкти, робототехніку та змагання з хакатону, покликана об’єднати молодих ентузіастів, які цікавляться IT-сферою. Міжнародний конкурс був задуманий з метою зібрати найталановитіших студентів ІТ зі всього світу. Він виходить за рамки просування професійної досконалості, поширюючи свою мету на сприяння міжкультурному діалогу та співпраці шляхом залучення студентів і викладачів з різних куточків земної кулі. Проводиться в м. Бухрест (Румунія) з 2004 року. Організатор міжнародного етапу – Lumina Foundation. Україна виступає повноправним афілійованим членом з 2009 року. А з 2010 році українські хлопці і дівчата є постійними учасниками свіітового фіналу. Установа-організатор — Національний еколого-натуралістичний центр учнівської молоді (НЕНЦ) Міністерства освіти і науки України.

Міжнародна науково-освітня програма GLOBE. GLOBE в Україні (Глобальне вивчення та спостереження з метою поліпшення довкілля) – це частина міжнародної науково-освітньої програми, яка надає можливість учням, учителям, вченим та громадянам з усього світу брати участь у процесі збору даних про навколишне середовище та наукових дослідженнях. З 2001 року НЕНЦ є національним координатором Міжнародної науково-освітньої програми GLOBE в Україні. Мета програми – підтримка та сприяння співпраці учнів, вчителів та науковців з усього світу у дослідженні навколишнього середовища, Землі як системи та їх динаміки. В 2011 році НЕНЦ отримав першу GLOBE Зірку для України за проведення Щорічної зустрічі координаторів програми GLOBE з Європи та Євразії в м. Києві. В 2015 році НЕНЦ отримав другу зірку за організацію Всеукраїнської учнівської фенологічної кампанії «Вишнева Україна» по спостереженню за вегетаційним циклом вишні. Учасники програми GLOBE співпрацюють з школами Литви, Фінляндії, Ізраїлю, Естонії, беруть участь у європейських та міжнародних проєктах та конкурсах (Міжнародний календар GLOBE, Регіональна навчальна експедиція GLOBE тощо).

Міжнародна екологічна олімпіада наукових проєктів з охорони довкілля «DreamECO». Проводиться з метою виявлення і підтримки талановитої учнівської молоді, яка здійснює експериментальну й науково-дослідницьку роботу у галузі екології Національним еколого-натуралістичним центром учнівської молоді Міністерства освіти і науки України спільно з приватним закладом «Українсько-американський Міжнародний ліцей «Меридіан» Києва». Започаткована у 2015 році і проходить у м. Києві.

Міжнародний екологічний конкурс (Вроцлав, Польща). Проводиться під назвою «Міжнародний конкурс еколого-валеологічної спрямованості» з 2007 року відділом охорони здоров’я і соціальних питань мерії Вроцлава під почесним патронатом Природничого університету м. Вроцлава, з метою поповнення знань дітей про рослинний та тваринний світ, формування основ екологічної культури та мислення, розвитку спостережливості, образної пам’яті, уваги, кмітливості. Головними акцентами є виховання любові до природи, бережливого ставлення до навколишнього середовища. НЕНЦ організує національний етап, починаючи з 2012 року у співпраці з Міністерством екології та природних ресурсів України та Українським товариством охорони природи.