Національний еколого-натуралістичний центр учнівської молоді МОН України опікується професійним розвитком педагогічних працівників різноманітних напрямків, тому систематично проводить навчально-методичну роботу з підвищення освітньо-кваліфікаційного рівня, оновлення професійних знань педагогів через семінари, практикуми, конференції, майстер-класи, творчі педагогічні майстерні.
Заходи з підвищення кваліфікації на базі НЕНЦ широко відвідуються педагогічними працівниками дошкільних, загальноосвітніх та позашкільних навчальних закладів м. Києва.
21 січня 2015 року пройшов семінар-практикум для вчителів початкових класів ЗНЗ м. Києва на тему: «Розвиток творчого потенціалу та самоконтролю у школярів через лабораторні та практичні роботи з природознавства».